Introducción: El Pelícano Pardo alcanza la madurez al tercer año. Rara vez uno o una de ellos se empareja con otro más adulto, aunque se han visto casos de estos donde han logrado criar una nidada. La selección natural de padres más viejos prueba un promedio más favorable de pichones logrados.

La temporada de anidación varía de acuerdo al clima de la localidad donde se encuentre la colonia. Aquellas en regiones tropicales gozan de una temporada larga para lograr sus nidadas. En los Galápagos procrean todo el año. En la Florida los nidos comienzan a verse en otoño continuando hasta la primavera, aunque en las colonias mayores en ciertos casos se ha extendido todo el año. En los estados al norte de la Florida la temporada es mucho más corta. Las congelaciones determinando el principio y fin. En los Estados Unidos en general los meses de mayor producción son marzo y abril.

El Celo: El macho selecciona el lugar del nido y de inmediato empieza a desarrollar los simples ritos para atraer las hembras. Mientras se mantiene parado sobre el futuro nido, estira el cuello mientras las hembras lo observan con indiferencia. Eventualmente alguna se interesa y comienza a caminar en la dirección del pretendiente. Este la rechaza con leves demostraciones de agresión. Pronto la indiferencia es vencida y comienza la perseverancia hasta que el macho le permite a la futura mamá permanecer. Este proceso puede continuar por días antes de que la pareja se forme.

Entonces los ritos se vuelven un poco más pronunciados. Ambos padres demuestran una serie de exhibiciones de agresión y sumisión. Mucha agresión puede conducir al otro miembro de la pareja a abandonar el compromiso. Mucha sumisión demostraría debilidad. Una vez que ambos están satisfechos de la unión, comienza la construcción del nido y copulación toma efecto.

En el hábitat natural, la pareja se mantiene junta por una temporada durante la cual crían una nidada. Si el primer intento no se logra (la nidada es destruida por alguna razón), hay una buena posibilidad que vuelvan a intentar con una nidada de reemplazo. Si la primera nidada se logra, es posible que la pareja vuelva anidar en la misma temporada. El próximo año, el proceso de seleccionar la pareja vuelve a repetirse. En cautiverio las parejas tienen un 50% de convertirse permanentes y llegar ha criar hasta tres nidadas en un mismo año.

El Nido: Este pelícano anida en colonias constituidas desde unas cuantas parejas hasta miles de ellas. Los nidos pueden ser construidos lo mismo sobre árboles y arbustos que en el suelo. Aquellos sobre los árboles los hacen de ramas. En su interior le agregan todo tipo de material suave que encuentran, incluyendo desechos humanos como nylon y cordeles que pueden llegar a ser mortales para los pichones y los padres. Los nidos en el suelo pueden ser construidos de ramas o una colección de piedras. De acuerdo al hábitat los nidos en el suelo pueden ser hechos en la arena a centímetros de la marea alta o en peñascos hasta 15 metros sobre el nivel del mar.

Los Huevos: La mayoría de las nidadas cuentan de dos a tres huevos. Es posible que logren llegar a cuatro y rara vez se limitan a uno. Los huevos son blancos con alguna mancha de sangre. El cascarón es de un material duro pero polviso. Son de forma ovalada midiendo 73.0 por 46.5 mm. Acabados de poner pesan unos 103 gramos. Después que el primer huevo es puesto, los otros son depositados cada otro día, en ocasiones dos días entre sí. La mayoría de los huevos son depositados temprano en la mañana.

La incubación comienza con la puesta del primer huevo. El primer pichón sale unos 28 días más tarde. Los otros pichones salen en menos tiempo que le tomo al primero, aunque hay por lo menos un día de diferencia entre cada pichón. Durante los primeros días de nacidos se nota una gran diferencia entre el tamaño de los pichones, después se emparejan. Esto es debido al día de diferencia al nacer, eclosión asincronizada. De esta forma una ventaja se le es proporcionada a los primeros en nacer. En casos cuando la alimentación no abunda esta ventaja hace que los padres se concentren en los mayores, logrando tantos pichones como el abastecimiento permita. En el caso de este pelícano los hermanos mayores usualmente no son abusivos con los menores (a no ser que no haya comida), la mayoría de las veces llegándose a lograr todos los pichones de la nidada.

Como en los otros Pelecaniformes, el Pelícano Pardo incuba parado sobre los huevos. Este método demanda que los huevos puedan soportar el peso de los padres. Los químicos usados en algunos insecticidas, DDT en particular, afecta el organismo de las madres de tal forma que limita la producción de calcio. Esto conduce a que el cascarón disminuya su espesor a tal grado que los huevos no puedan resistir el peso sobre ellos. Colonias enteras fueron exterminadas debido al uso indiscriminado de estas sustancias.

Ambos padres participan en el proceso de incubación. La madre es la que pasa mayor parte del tiempo sobre el nido, el padre permaneciendo a su lado gran parte del tiempo. El macho no alimenta a la madre durante este tiempo. En algún momento durante el día el macho toma su lugar y ella va a pescar. Cuando ella regresa él se levanta y ella vuelve a sentarse sobre la nidada.

Los Pichones: Los polluelos rompen el cascarón con un pequeño exceso en la punta del pico. Este exceso desaparece a los pocos días de nacidos. El proceso desde que rompen el huevo hasta que están totalmente libre de este puede tomar entre 2 a 28 horas, por lo general unas 19 horas.

Los pequeñuelos aparentan siempre tener hambre. Dicen que sólo están callados cuando duermen o por unos segundos después de llenarse el buche. Los padres les proveen los peces que hayan capturado, cuando logran llegar al nido ya están parcialmente digeridos. Al principio esta sustancia es depositada en el fondo del nido, los padres poniendo pedacitos de los peces en el pico de los pichones hasta que estos empiezan a comer. Cuando son más grandecitos obtienen la alimentación de adentro del pico de los padres. Los adultos sacan el alimento de esófago y lo depositan dentro de su propia bolsa, de donde los polluelos lo extraen casi metiéndose en ella.

Otra buena razón por la cual no se debe visitar el área de anidación es la defensa que los pichones utilizan. Si tratara de atraparlo, desde pichoncitos utilizan el pico y las pezuñas; los expertos terminan todos arañados. Pero antes de tocarlos, sólo con acercársele, recurren a vomitar sobre el visitante desconocido. Dado que la alimentación es pescado parcialmente digerido, no va a oler bien por el resto del día.

En las colonias que anidan en el suelo los polluelos abandonan el nido a las cinco semanas. Los pichones forman grupos entre ellos, guarderías. Permanecen en el grupo la mayor parte del tiempo excepto cuando llegan los padres con la comida. Entonces se forma el desorden, todos los jóvenes en la guardería tratan de obtener lo que puedan. Los padres discriminan entre todo los jovenzuelos, dando de comer sólo a sus hijos. Se documentan algunos pichones al ser despreciados, por otros adultos que no sus padres, entrar en un estado de locura o histerismo tal que se vuelven totalmente erráticos.