Enemigos naturales: No otro animal depende del Pelícano Pardo como sustento. Los polluelos mientras que permanecen en el nido están expuestos al mismo riesgo que los pichones de otras aves. Una vez que obtienen el tamaño de los adultos el riesgo disminuye considerablemente. Aun así, la sobrevivencia de este pelícano es una continua lucha diaria.

Pillos del aire: Las fragatas, gaviotas y gaviotines le roban la comida. Estos maestros de las acrobacias aéreas le quitan los peces de la propia boca. No se le puede considerar una amenaza a la vida del pelícano, más bien una molestia. Rara vez tiene el pelícano que abandonar su pesquería debido a la impertinencia de estas otras aves.

Las gaviotas y el nido: Cuando los pelícanos padres no están presentes las gaviotas se roban los huevos o polluelos. Aunque de vez en cuando se pierde una nidada, no se le considera mayor impacto en la colonia. Excepto cuando las gaviotas anidan próximas a los pelícanos. Entones el daño si puede ser serio. El Tántalo Americano, los buitres y los cuervos también se les conocen de robarse los nidos del Pelícano Pardo.

Los tiburones y cocodrilos: Se sospecha que los tiburones han de aprovechar la oportunidad cada vez que un pelícano distraído se encuentra a su alcance, pero ya que si esto sucede no queda mucho del pelícano es un poco difícil asegurarlo. El caso de los cocodrilos y aligatores es similar al de los tiburones, aunque sí hemos oído que han ocurrido.

Pequeños mamíferos: Tal vez el peor enemigo del nido del Pelícano Pardo sean los mapaches. Es difícil que un adulto sea atacado, pero los huevos y los pichones se pueden dar por perdidos. Ha habido casos donde los pelícanos han tenido que abandonar la colonia debido a los mapaches.

Parásitos: Algunos parásitos son naturales en esta ave. No llegan a matar al pelícano pero sí lo debilitan, lo cual reduce el tiempo que un individuo puede permanecer sin comida. Cuando la temperatura fría permanece por varias semanas y no pueden pescar porque los peces se mantienen más profundos, el efecto de los parásitos sí puede determinar entre la vida y la muerte.

Desastres naturales: Queda por más decir los efectos de los huracanes, las inundaciones y los efectos de El Niño y La Niña. Cualquiera de estos cambios ambientales o la Marea Roja pueden exterminar colonias enteras.

El peor enemigo: Nosotros. Sí, el ser humano es quien, al menos en tiempos recientes, ha causado más daño a esta especie. La Perdida del hábitat es un problema serio. Los deportes acuáticos, sobre todo los nylon de pesquería, hacen un daño terrible. Los derrames de petróleo en el mar son una amenaza incalculable. Pero aun estos son insignificante con el daño que ya han causado nuestros insecticidas. Un químico al cual se le refiere por DDT (si desea pronunciarlo el nombre completo es: dichlorodiphenyltrichloroethane) es responsable por las colonias de Estados Unidos en el Golfo de México, posiblemente las más numerosas de esta especie. Se han introducido pelícanos de la Florida de vuelta en esa región pero a las colonias originales, un total de unos 50 mil pelícanos, las exterminó por completo. Este insecticida también hizo gran daño a las colonias de este pelícano en California y estuvo cerca de exterminar algunas especies de las aves rapaces diurnas.

El problema se hizo visible cuando este químico afectó el organismo de las pelícanos hembras y no les permitió producir suficiente calcio durante la puesta. El cascarón de los huevos no era lo suficiente grueso, terminando los huevos rotos cuando los padres trataban de incubarlos. Pero las consecuencias no terminan en el cascarón de los huevos. Este químico tiene una vida (tiempo que toma en disolverse) sumamente larga y se acumula en el cuerpo de los animales. La concentración aumentando de forma exponencial según ascendemos en la pirámide de la alimentación; la especie más elevada en tal pirámide es la nuestra, porque usualmente no comemos pelícanos pardos pero sí otros animales que también eran afectados. Afortunadamente para nosotros la terrible desgracia de perder colonias tan numerosas de un ave tan común despertó la atención de los naturalistas y científicos. El daño ha sido controlado y ahora ver a este pelícano propagarse saludablemente significa mucho más que haber salvado una especie. Tal vez le haya salvado la vida a mucho de nosotros.

El mejor amigo: Ya que sabemos los muchos enemigos que tiene este pelícano, corresponde mencionar un amigo fiel que también tiene. Ese amigo somos los seres humanos. Sí, somos su peor enemigo, pero también somos su mejor amigo. Si usted ha leído los pop-ups en las fotos o se ha fijado en las condiciones de los ejemplares que hemos retratado, muchos de ellos se encuentran deshabilitados. Estos pelícanos los hemos visto en los zoológicos y centros de rehabilitación para aves que hemos visitado. En muchos de estos lugares es tan adecuado el cuidado que se les proporciona que los pelícanos procrean aun con mayor frecuencia y mejores resultados que en la naturaleza. Después que los pichones se valen por sí mismo son sueltos para que tengan la vida que a sus padres se les negó. Todo depende de nosotros; podemos ser el peor enemigo o el mejor amigo, la última palabra la tiene usted.