Todos los cocodrilos que existen en el presente se estudian en el orden Crocodilia. Este orden se le asigna a la clase Reptilia, donde se estudian todos los reptiles.

En el orden Crocodilia encontramos tres subgrupos, o familias. Estas familias se asignan ya que los cocodrilos, caimanes y gaviales reflejan ciertas diferencias en su anatomía y comportamiento. A continuación nombramos todas las especies que viven en la actualidad en el orden Crocodilia en sus respectivas familias.

Nota: Algunos autores prefieren dividir el orden Crocodilia en tres subfamilias, las cuales serían equivalentes a las familias que presentamos. Los apropiados nombres de las subfamilias, en tal clasificación son: Alligatorinae, Crocodylinae y Gavialinae. También existe variación ortográfica en el nombre del orden; algunos autores lo llaman Crocodilia, como lo presentamos, y otros lo escriben Crocodylia que, con respecto a la nomenclatura científica, es sinónimo.

En los aligátores y caimanes los dientes de la mandíbula inferior se acomodan dentro de la mandíbula superior cuando la boca se cierra. Estas especies normalmente se mantienen en agua dulce (ríos, canales, ciénagas) o cerca de ella, aunque algunas sí toleran la salinidad del agua de mar. La mayoría de los aligátores y caimanes no llegan a ser tan grandes como los cocodrilos o gaviales, aunque algunos, como el Aligátor Americano y el Caimán Negro, sí pueden lograr gran tamaño. Usualmente no son tan agresivos como los cocodrilos, sin embargo, son muchos los casos de ataques a personas y mascotas reportados en el Aligátor Americano.

A simple vista se diferencian los cocodrilos de los aligátores y caimanes en que el cuarto colmillo de la mandíbula inferior es visible cuando cierran la boca; también en que muchas de las especies de cocodrilos tienen el hocico más puntiagudo que los caimanes una vez que son adultos. Los cocodrilos habitan tanto en agua dulce como en agua salada, algunos ejemplares han sido vistos mar afuera a buena distancia de la tierra más cercana; aunque algunas especies demuestran preferencia por el agua dulce. Por lo general los cocodrilos son muy agresivos, aun los pequeñuelos. Algunas especies pueden lograr gran tamaño.

Los gaviales tienen el hocico largo y estrecho. Habitan en depósitos de agua dulce al sur de Asia. Los gaviales son piscívoros, se alimentan de peces. Aunque logran tamaños gigantescos, son prácticamente inofensivos a las personas.